二者的作用相同，区别在于碘酊就是碘酒，主要以乙醇为溶媒，它对皮肤粘膜的刺激性大，能灼伤皮肤和粘膜，使用后可引起皮肤发泡和脱皮，不宜直接用于破损的伤口，还有口腔鼻腔的黏膜上。用碘酊做皮肤消毒后，等其稍干后再用医用酒精脱碘。碘伏是以水为溶媒，因此它对皮肤黏膜的伤口没有刺激性，所以它的应用范围更广，是目前最常用的皮肤黏膜消毒剂。
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