自身免疫性脑炎的发病原因与自身抗体有非常大的关系。其本身就是由于自身免疫介质所介导的一种脑组织炎性病变。
这种自身免疫反应与肿瘤与有非常大的关系，比如出现了一些特殊肿瘤就会产生相应特异性的抗体，比较常见的肿瘤，包括卵巢畸胎瘤、肺小细胞瘤等。这些肿瘤产生的抗体就与相应神经系统中的神经细胞进行抗原抗体特异性的结合，进而损伤到神经细胞，引起相应的临床表现。
当然也不是所有的自身免疫反应性炎症都会有肿瘤的产生，有些患者是一些不明原因形成的抗体。
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