HPV39阳性转阴的时间长短不一，大多数患者半年或一年后可以转阴。
HPV39属于高危型人乳头状瘤病毒，在机体抵抗力较强的情况下，可以自行转阴。当发现HPV39阳性后，如果积极服用干扰素类药物和抗病毒药物、避免性生活或减少性生活的次数、且注重个人卫生、注重营养和休息、适当锻炼、保持充足休息、增强自身抵抗力，其可以在较短时间内转化为阴性；如果患者抵抗力较差，或者仍持续存在不洁性生活，那患者HPV转阴所需要的时间也会延长，经过一年或者更长时间也难以转阴。
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